Une fois la Palestine rejointe Loti et ses compagnons rallient enfin Jérusalem, via Hébron et Bethléem. Sa visite de Jérusalem ne provoque en lui qu'une immense déception, liée à la fois à une ville qu'il ressent comme mercantile et "prostituée à tous", mais aussi au fait que son pèlerinage se révèle vain : malgré tous ses efforts, il ne retrouve pas la foi qu'il est venu chercher dans la Ville Sainte. Les commentaires qu'il portera sur cette ville sont même ambigus, à la limite de l’antisémitisme, alors qu'il ne fait preuve à aucun autre moment de haine contre les juifs durant le reste de son voyage en Palestine, notamment à Tibériade, pourtant le berceau du judaïsme. Jérusalem se résume donc à une sorte de guide touristique où Loti présente notamment le Saint Sépulcre, la mosquée d'Omar, le Dôme du Rocher, le Mur des Lamentations ou la vallée de Josaphat.
