Thoutmôsis III a été roi d'Égypte entre environ 1458 et 1425 avant JC, après avoir hérité du trône de son père Thoutmôsis II et de sa tante Hatchepsout. Cependant, après la mort de cette dernière, Thoutmôsis III a prétendu avoir été roi d'Égypte pendant tout le règne de Hatchepsout, ce qui signifie que ses années royales ont commencé vers 1479 avant JC, à la mort de son père Thoutmôsis II. Cette tentative d'effacer Hatchepsout en tant que roi d'Égypte n'était probablement pas personnelle, puisqu'il n'a pas tenté d'usurper son autorité de son vivant, mais plus probablement une tentative de restaurer le respect pour la royauté qui semble avoir été perdue lorsque Hatchepsout était sur le trône.
Les graffitis représentant Hatchepsout en train de faire l'amour avec un homme, découverts près de son temple mortuaire, montrent clairement qu'elle n'était pas respectée comme l'avaient été les pharaons dieux précédents, et Thoutmôsis III essayait très certainement d'effacer ce que beaucoup d'Égyptiens considéraient comme un épisode déplaisant de leur histoire. Ironiquement, son temple mortuaire est considéré comme l'un des plus grands monuments architecturaux du Nouvel Empire et a servi de base à tous les temples mortuaires ultérieurs du Nouvel Empire. Thoutmôsis III n'a pas tenté d'effacer l'existence d'Hatchepsout de l'histoire égyptienne, mais seulement sa royauté, et l'on continue à parler d'elle avec tendresse comme de la reine et l'épouse préférée de Karnak et on parle Thoutmôsis II.
Il est admis qu'il n'avait que 2 ans à la mort de son père et qu'il devint roi en 1479 avant JC, bien que Hatchepsout eût le pouvoir de roi jusqu'à sa mort en 1458 avant JC Le règne de Thoutmôsis III de deux ans a été établi par la reine Hatchepsout sur les objections d'autres demandeurs, car, elle a prétendu que son mari Thoutmôsis II avait voulu que Thoutmôsis III devienne roi. Ses raisons ne sont pas claires, et il est question de savoir si elle essayait simplement de prendre le pouvoir pour elle-même et d'utiliser son neveu et beau-fils de deux ans comme un pion, ou de suivre les souhaits légitimes de son mari. Même son identité de genre semble avoir été en question, car il est prouvé qu'elle a pris sa sœur Iset, la mère de Thoutmôsis III, comme sa grande épouse royale et reine. Cela peut aussi avoir été pour protéger Thoutmôsis III, comme Iset pourrait réclamer la co-régence si quelque chose lui arrivait, cependant, elle semble avoir vécu comme un homme, traitant Thoutmôsis III comme son propre fils. Que ce comportement ait été une affectation due à la culture à prédominance masculine dans laquelle ils vivaient, ou une véritable identité masculine peut ne jamais être connue, cependant, elle est revendiquée comme un héros pour les féministes et les personnes transgenres aujourd'hui.
